多铎很快就从李自成中夺取了河南的开封和洛阳，但是他没有继续攻打汝宁和归德两地，这两地由明朝河南巡抚陈潜夫和总兵高杰驻守。　高杰刚刚从南京返回归德府，为了增加河南的防御，朱由检将刚刚打造好的十门火炮划给了高杰的河南军。　高杰当初是李自成的下，后来因为和李自成的一个妾有染，为了防止事情暴漏之后，被李自成处死，于是高杰带着李自成的这个妾直接逃走了，投奔了明军，后来因为战功一路做到了总兵的位置。　高杰不是明军中唯一的一个李闯出身的将领，此时在山东的杨彪和宋企郊两人，都是李自成的下。　还有一个就是李岩，此时李岩已经跟随朱由检来到南京三个多月了，李岩身上的伤已经痊愈了。　在朱由检的一番安抚和劝慰之下，李岩同意为朱由检效命，朱由检随后就给了李岩一个参谋的职务。　参谋这个职务非常特殊，是朱由检设置的，这个时代还没有专业的参谋，朱由检非常清楚参谋的重要性。　尤其是在后世的现代军队中，很多专业的事务，都是由参谋负责的，这也避免琐碎的事情分担将领的作战经历。　朱由检成立了大明帝国参谋部，李岩被任命为总参谋官，负责对锦衣卫收集的情报进行分析，同时为朱由检作战提供帮助，制定作战计划，为皇帝和枢密院出谋划策。　这也是朱由检建立的第一个专业的军事辅助构，参谋部将直接取代内阁对军事的参悟，将具体的军事作战计划和大明军事行动提供谋划的事情全部承担了。　虽然朱由检设置的参谋部是个全新的构，但是位置非常重要，并且直接对皇帝负责，也就是里面的官员都是皇帝任命，内阁和吏部无权过问。　同时朱由检还恢复了枢密院，任命江阴知府阎应元为枢密使，总领枢密院的军队政务，朱由检明确枢密院为作战指挥构，负责调动大明军队，统御将领作战，直接接受皇帝指挥，也就是战时的总司令部。　枢密院和参谋部两个部门全部都归属皇帝直接负责，这也直接将兵部的权利大大削弱。　兵部现在负责新兵的招募和训练，还有将领和士兵的军功赏罚，军籍的管理，军官的培训，还有军械物资的制造，已经和直接统兵打仗没有任何关系了。　朱由检随后将锦衣卫并入了参谋部，巩永固也直接在参谋部担任参谋一职，直接负责情报的收集。　朱由检的一番任命，立刻将大明朝的兵权完全独立出来了，最重要的兵权完全掌握在皇帝中。　尤其是枢密院直接归属皇帝指挥，枢密院有统御将领带兵作战的权利，这样各地总兵就直接接受枢密院的指挥，其实也就是接受皇帝的直接指挥。　一改之前大明内阁和宦官专权，干预军队指挥作战的局面，大大地提升了军人的地位和作战的职能，军人也有了一个安心的构，以后不会有外人指画脚，他们直接接受枢密院的军令，其实也就是皇帝下达的作战命令。　而且皇帝的作战计划都会出自参谋部，参谋部也直接对皇帝负责，这个环节都避免了内阁文臣和宦官的插。　本来朱由检也想将兵部独立出来，但是兵部的职责中有很多都是需要内阁协调的，兵部和工部也有交际，兵部的军械大部分都需要工部来制造，而且军事物资也涉及到很多构，如果单独将兵部独立出来，后来的协调合作将会非常困难。　于是朱由检就将兵部继续留在了六部之中，由皇帝本人和内阁一同统御，这样也可以方便协调物资的调配。　随着朱由检的一番改革，明军的管理立刻规范起来，同时朱由检还对明军一线作战部队将进行了整编。　各地方的部队统一由总兵统领，暂时按照原来的编制方式执行，但是南京的二十万新兵则是全部改用全新的编制。　朱由检对作战单位进行了全新的设置，之前卫所设置的有仕长，镇抚，百户，千户，指挥使等官职，然后就是参将，总兵之类的，最高的就是总督，也就是总督府。　朱由检认为此时大明的卫所制度已经荒废了，于是彻底改变了军队的编制，将军队编制而分为班，排，连，营，团，师，军，集团军。　对编制进行了改革，随后朱由检又开始实行全新的军衔制度，遵循军衔制指挥原则，谁的军衔高，就由谁来指挥作战。　此时在西洋世界，已经出现了现代军衔制度，朱由检也就直接参照执行了，从普通士兵开始，分为一等兵，二等兵，三等兵，四等兵，五等兵，其中五等兵是最低一等。　这是朱由检根据士兵服役年限制定的，朱由检制定的士兵服役年限一般为五年，所以就设置了五个等级。　士兵上面是士官，分为三等，分别为上士，中士，下士。然后就是尉官，分为上尉，中尉，少尉。上面的校官分为上校，中校，少校。将军分为上将，中将，少将，最高的为元帅。　朱由检也制作了对应的军衔，于是朱由检整天都在忙碌着南京军队的改革，将全新的一套军衔制度推行进入了军队之中。　于是南京招募的二十万军队，加上之前的各地守卫部队，一共二十五万，划分为四个军，　分别为第一军，第二军、第三军、第四军，分别任命四位军长，也是之前南京辖区的四个总兵，授予少将军衔，每个军下设三个师，设置上校指挥。　朱由检用各地送到南京的老兵和军官，共计上千人，还有从新兵里面选拔出来的考核甲等的优秀士兵，组建起了这二十五万军队的军官阶层。　其中实力最强的当属指挥南京守卫任务的李守荣的第一军，麾下六万军队全部都是精锐。　各军统一听命枢密院的作战指挥，至于各地方的军队，朱由检则没有令他们整改，暂时按照原有的编制训练作战。　朱由检知道明军想要走的更远，就必须要接受现代的军事体制，如果继续使用原有的体制，不仅会限制明军，最后还会导致明军堕落**。　大明朝的卫所制度就是如此，最后很多卫所荒废，士兵成为了军官的私人财产，甚至给军官干私活，当初的京城的京营就是如此，很多士兵都成为军官的奴隶，整日去给军官干私活挣钱，今天去跑一趟货，明天盖个房子。　所以朱由检直接废掉了原有的编制，全面采用现代军制，同时令枢密院统兵，军队遵循军衔指挥原则，一切听命于军衔最高的人，同时执行严格的考核制度，制定军官的上升通道，定期举行军官招募考试，让普通士兵都有会参加，只看成绩和武艺，不再看出身。　还有一个重要的改革就是军饷的改革，以前军队的军饷都是有上官发放，但是这也往往会让军队成为上官的附庸，也就是谁直接发钱，谁就是主人。　朱由检将军饷的发放全部收回，统一由不统兵的兵部来发放，每个士兵按月就可以到兵部领取一张军饷券，和银票差不多，然后随时都可以去府库兑换粮食，而且朱由检明确规定，军饷券就有钱币价值，可以从大明治下的钱庄兑换银两。　朱由检在南京城折腾了两个多月，才将这套全新的制度落实完成，成果也非常明显，军官士兵面貌焕然一新，军队士气立刻得到了提升。　但是朱由检的改革也直接触动了很多传统官员思维底线，他们认为朱由检这是在颠覆祖宗宗法社稷。　其中反弹最大的当属东林人，他们认为朱由检这样的改革将直接让皇帝掌控兵权，这是对文官集团最大的威胁，从此之后文官将无法指挥控制武将，这是文官最不愿意看到的局面。　尤其是东林人，整天上书劝阻朱由检的改革，认定枢密院当归属内阁统御，同时废除参谋部，因为一个参谋部就将他们这些文官事情拿走了。　在文官眼中，士大夫治天下才是正道，所以军国大事一切都应该是文官士大夫来制定，，那些武将只是附庸执行的人。　但是现在冒出来一个参谋部，将分析敌情，制定作战会，为皇帝出谋划策的事情全部都承担过去了，那他们这些文官还干什么？　不仅是东林人，朝堂上面的很多官员都对朱由检的这种军队改革很不满，甚至认为可能会让将军队失控，或者是让枢密院成为另外一个内阁，和内阁对抗。　就是一向沉稳的范景文，都对朱由检的改革提出了异议，他认为朱由检的改革太过冒进，让枢密院和参谋部的权利过大，很可能导致军队失控。　其实朱由检完全明白这些文官的劝阻是为了什么，因为他们不愿因看到武将和他们平起平坐，从宋朝开始，武将就是文官集团的附庸，这已经延续了数百年。　但是朱由检直接改变了这一切，枢密院和参谋部直接对皇帝负责，皇帝和文官斗争了两百多年的大明朝，此时皇帝一下子掌握兵权了，这不仅让皇帝权利更加巨大，还让武将也有会和文官们平起平坐了。　这些都没有动朱由检，朱由检还是在两个月内完成了改革，将南京地区的二十五万军队全部整编完成，然后开始训练作战。　朱由检非常清楚，现在必须要重用武将，如果大明朝继续让这些文官掌权，在那里纸上谈兵，最后真的就要灭亡了。　看到皇帝“执迷不悟”，不满的东林人已经无法忍受，不仅是因为朱由检的军队改革触动了文官集团利益，更重要的是朱由检来到南京之后，没有重用东林人，所以他们坐不住了，他们要行动了。