一次，在鹿丸与阿斯玛下将棋时，阿斯玛告诉鹿丸，如果将木叶忍者比做棋子，鹿丸以他不拘一格的灵活的思考方式，作为威力不大但能跨越其他棋子移动的桂马，而阿斯玛自比为用来当炮灰的成银。而对最重要的玉，阿斯玛卖了个关子。

    二次，

    三次，之后，阿斯玛，鹿丸，出云，子铁开始了追杀“晓”的成员的任务。

    四次，

    五次，他们的目标是飞段和角都。

    六次，

    七次，一开始，他们用团队合作束缚了飞段，当出云、子铁将剑刺入飞段身体后，他们惊异地发现飞段是不死之身。角都出现，解开影子束缚，再之后阿斯玛与鹿丸协同作战，但阿斯玛还是被飞段伤了一刀，于是飞段用血进行诅咒仪式，即对飞段的伤害都会转嫁到阿斯玛身上。

    八次，

    九次，情况危急，鹿丸再次使用影子束缚，千钧一发之际救了阿斯玛一命。在这种情况下，鹿丸展开分析，终于发现飞段诅咒仪式的一个弱点——必须在一个圆圈中进行。他于是艰难地将飞段拉出圆圈，接着阿斯玛一斩，本应胜利了。

    十次，

    十一次，可就在此时，角都再次出，飞段依然未死。结果可想而知，虽然援兵（包括井野和丁次）到达，阿斯玛还是因为“诅咒”而死。

    十二次，

    十三次，阿斯玛在弥留之际，终于讲出了谁是玉。鹿丸与他老爸下棋时，终于出真相：“担起木叶大梁的孩子们就是“玉”。

    当队伍回到木叶，鹿丸自己告诉了红关于阿斯玛的死讯，于是红顿时伤心起来。阿斯玛的葬礼，鹿丸并没有参加，他只是一个人躺在草地上望着云，孤独的吐着烟。

    阿斯玛的死改变了鹿丸，就是这次意外，鹿丸开始认真的面对每一件事，性格有了一百八十度转变了。

    这件事导致了鹿丸，丁次，井野三人组走上了复仇之路，目标是杀掉飞段和角都，之后鹿丸练习使用阿斯玛留下的查克拉刃，使其能融入自己的查克拉，固定影子。他还查阅资料，制定了一套对付“晓”二人组的战略。

    之后，猪鹿蝶组合踏上复仇之途。

    由于旗木卡卡西的加入，鹿丸迅速改变了策略，这令卡卡西都惊叹不已。他给了卡卡西一个东西，让卡卡西赶紧使用。

    在另一方面，飞段和角都出发前往木叶。

    可即便他们非常心，也被井野控制的鸟发现，于是战斗开始。鹿丸通过一系列战术的使用，成功地用吸收了自己查克拉的查克拉刃定住飞段和角都的影子，使两人无法移动。

    鹿丸用影子模仿术控制飞段，使其攻击角都。就在攻击差点得的时候，角都破坏了查克拉刃，从而免于伤害。于是丁次进行攻击，角都用土遁把身体硬化，又安然无恙。

    角都开始反击，但是被卡卡西的雷切及时打中，倒地不起。可是角都只是装死，在卡卡西接近飞段时迅速攻击。

    这时，鹿丸也到极限了，影子束缚解开，飞段和角都联合攻击，展现了恐怖的能力——角都背后出来的怪物居然可以使用多种属性的查克拉。原来卡卡西打倒的只是其中一个怪物，那些怪物是用其他人的经脉系统做成的。接着，鹿丸改变策略，决定引开两人。

    于是鹿丸再次上阵，成功的抓住飞段，并将他引到远处，用起爆符将他与角都隔离。可就在那一瞬间，影子模仿术到了极限，飞段拔出刀刺向鹿丸，鹿丸倒下

    脸上留下一丝血迹，飞段迅速完成仪式，用刀向胸口插去，可受伤的却是角都。原来鹿丸使用了卡卡西采集的角都的血液“诅咒”的只是角都而已。卡卡西告诉角都他们低估了鹿丸，因为鹿丸不会浪费阿斯玛用生命换来的情报。

    飞段还没明白发生了什么时，鹿丸跃起，用查克拉刃割向飞段，但割得过浅，飞段只是流血而已。不过飞段再次被鹿丸用影子抓住。

    但这次，鹿丸查克拉的极限使飞段居然可以移动，并走近鹿丸，举起利刃向下插时，鹿丸使用新忍术影子拉近术将周围的起爆符拉拢贴在飞段身上，然后用刀启动一个关，使飞段身下出现一个大洞。此时出现阿斯玛的幻象，他对鹿丸，干得好，然后消失了。

    鹿丸点燃阿斯玛留给他的打火，向飞段扔去，起爆符全部爆炸，飞段被埋在深深的地洞中。

    佩恩入侵-

    当鸣人和卡卡西他们追捕宇智波鼬失败后，回到木叶得闻自来也被佩恩杀害的消息。

    因自来也死前在蛤蟆仙人森作大人的身上留下暗号，第五代火影命令鹿丸召集暗号解读班解读暗号，同时亦四处搜查相关资料。

    面对鸣人就自来也之死而情绪一度低落，作为朋友及曾遭逢同遇的他，劝鸣人要振作起来，与他一样要立志成为超越先辈的忍者。

    及后鸣人回到木叶，他与父亲也在迎接的群众行列内。后来与红班、凯班及阿斯玛班成员聆听了樱出发前请求保密的事件。

    佩恩六道突然袭击木叶，木叶顿时陷入混乱的局面。正在病院怀着孕的夕日红被外面的嘈杂声惊醒

    正当她走出病房，这时候突然出现了畜生道的通灵兽，幸好此时鹿丸赶到，用影缝术解决了通灵出来的兽物，并承诺把她送到安全的地带，这也是为了阿斯玛——鹿丸死去的老师。

    接着鹿丸与木叶的忍者们继续投身到与佩恩六道战斗之中。

    在第四次忍界大战爆发时候，奈良鹿丸被任命为忍界联军第4部队?远距离战斗部队代理队长。

    金角银角出现后，奈良鹿久派鹿丸与井野、丁次增援达鲁依，后来通过猪鹿蝶的配合成功封印金角。

    后再遇角都，从角都口中得知，阿斯玛也被转生了。鹿久要求鹿丸、丁次、井野去对付阿斯玛。鹿丸果断地前去对付阿斯玛。

    奈良鹿丸组遇到阿斯玛后，因为丁次无法忍心对阿斯玛下导致鹿丸他们无法打败阿斯玛，后来阿斯玛鼓励丁次从而丁次成功羽翼化，成功对阿斯玛封印，并得到阿斯玛的赞扬，认为鹿丸三人是完美的猪鹿蝶组合。

    在忍者联军对抗外道魔像时，分析出了面具男利用金角银角收集其九尾查克拉的目的。

    后来宇智波鼬对药师兜实施幻术解除秽土转生后，鹿丸作为增援部队来到鸣人所在的战场，在奈良鹿久阵亡后，继承了父亲鹿久的意志，率领忍者联军设法对抗十尾的尾兽玉，被鞠称赞鹿丸一定能成为不错的火影（因为成为火影的条件之一就是改变人心的力量）。

    在秽土转生的四位火影以及佐助等人赶来后，对于佐助要成为火影的惊人发言表示惊讶，随后与其他伙伴一起对抗十尾的分身。